Η πόλη ιδρύθηκε το χειμώνα του 370 π.Χ.-369 π.Χ. από το Θηβαίο στρατηγό Επαμεινώνδα, μετά τη νίκη του επί των Σπαρτιατών στη μάχη των Λεύκτρων και την εισβολή του στη Λακωνία. Ο Επαμεινώνδας απελευθέρωσε τη Μεσσηνία από τη σπαρτιατική επιρροή και επέλεξε τους πρόποδες του όρους Ιθώμη για να χτίσει την πρωτεύουσα των ελεύθερων Μεσσηνίων. Χτίστηκε σχεδόν ταυτόχρονα με την αρκαδική Μεγαλόπολη, ώστε να αποκλειστεί η Σπάρτη από εχθρικά κράτη και να εκλείψει η επιρροή της έξω από τη Λακωνική.
Ο περιηγητής Παυσανίας έχει διασώσει τις περισσότερες πληροφορίες για την ίδρυση της πόλης. Κήρυκες σταλμένοι από τους Θηβαίους έφτασαν στην Ιταλία, τη Σικελία, τη Λιβυκή πόλη Ευεσπερίδες και όπου αλλού ζούσαν φυγάδες Μεσσήνιοι, και τους κάλεσαν να γυρίσουν στην πατρίδα τους. Είναι προφανές ότι οι απελευθερωμένοι είλωτες και περίοικοι της Μεσσηνίας θα συμμετείχαν κι αυτοί αλλά το ζωτικότερο στοιχείο της ξενιτιάς θεωρήθηκε απαραίτητο και ευτυχώς για τα σχέδια του Επαμεινώνδα, ανταποκρίθηκε στον κάλεσμα. Η επιλογή της θέσης της πόλης έγινε μετά από υποτιθέμενη θαυματουργή αποκάλυψη της θέσης της διαθήκης του Μεσσήνιου ήρωα Αριστομένη και με τη βοήθεια ιερέων και μάντεων. Η πόλη ονομάστηκε από τη μυθική βασίλισσα Μεσσήνη, κόρη του βασιλιά του Άργους Τριόπα. Έτσι ξεκίνησε το χτίσιμο του τείχους, μετά από θυσίες των συμμάχων προς τους τοπικούς θεούς και ήρωες, και υπό τη συνοδεία βοιωτικών και αργείτικων αυλών.

Η πόλη παρέμεινε το πολιτιστικό κέντρο της Μεσσηνίας μέχρι το 395, όταν η επιδρομή των Γότθων του Αλάριχου υποτίθεται πως έδωσε το αποφασιστικό πλήγμα στην πόλη. Τότε οι λιγοστοί πια κάτοικοί της θα άρχισαν να εγκαθίστανται σε ασφαλέστερους οικισμούς και η θέση να ερημώνεται.

Το κέντρο της περιστοιχισμένης πόλης βρισκότανε κάτω από τη θέση που σήμερα είναι το χωριό Μαυρομμάτι το οποίο έχει μετονομαστεί σε Αρχαία Μεσσήνη.

Το χωριό αναφέρεται σε απογραφή του 1689 και φέρεται να είχε 362 κατοίκους. Το Μαυρομμάτι Ιθώμης διέθετε παλαιότερα αγροτική λαϊκή τράπεζα, γεωργικό πιστωτικό κέντρο, γεωργικό προμηθευτικό συνεταιρισμό και σχολαρχείο (1924 - 1938) καθώς και δημοτικό σχολειό (1853). Σήμερα η Αρχαία Μεσσήνη έχει 180 κατοίκους.